肝细胞癌细胞中差异表达环状RNA与microRNA-1相关的生物信息学分析

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【作者】董叶萍周心怡费思力楼淳童甜庞梦婷王颖

【关键词】 MICRORNA-1 环状RNA 靶基因生物信息学肝细胞癌

【摘要】目的环状RNA(circRNAs)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,但其与肝细胞癌的关系有待进一步探究。文中采用生物信息学方法对microRNA-1的靶基因进行分析,筛选与靶基因相关且在肝细胞癌细胞中差异表达的circRNAs。方法利用microRNA相关数据库预测microRNA-1的靶基因,并对其进行GO分析和富集分析。通过circRNAs数据库筛选与microRNA-1下游靶基因相关的circRNAs。结果MicroRNA相关数据库预测microRNA-1的靶基因230个。通过GO分析发现microRNA-1的靶基因在调控方面有很强的倾向性,其预测结果显示microRNA-1的靶基因主要富集在生物学功能、参与的生物过程以及细胞定位这3个方面。microRNA-1的靶基因参与了蛋白质的功能、生物合成过程的调控、辅助因子结合及酶调节等生物过程中。miRNA-1预测靶基因显著富集于癌症信号通路、乙型肝炎的发生、内吞作用及拼接体等信号通路中。3个circRNA数据库中发现与microRNA-1的靶基因相关的circRNAs 21个,其中hsa_circ_0004651在肝细胞癌细胞HepG2中显著低表达,其亲本基因为hnRNPD。结论MicroRNA-1可通过蛋白、酶的调节来影响肝细胞癌的发生发展。Hsa_circ_0004651可能与microRNA-1及其亲本基因hnRNPD共同参与肝细胞癌的发生发展。

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